Bei einer Lebensmittelintoleranz hat der Körper die Fähigkeit, einen bestimmten Stoff zu verdauen, teilweise oder ganz verloren – oder er hat diese nie besessen. Auch kann im Darm ein Missverhältnis zwischen Angebot und Abbau eines bestimmten Stoffes bestehen. Anders als bei einer Allergie ist das Immunsystem bei einer Intoleranz – mit Ausnahme Zöliakie – nicht beteiligt.