Nach der Diagnosestellung sollten die beschwerdeauslösenden Nahrungsmittel weglassen werden. Da bei der Laktose-, Fruktose- und Histaminintoleranz geringe Mengen meist vertragen werden, sollte zusammen mit einer spezialisierten Ernährungsberaterin, einem spezialisierten Ernährungsberater die individuelle Toleranzgrenze ermittelt werden.

Bei einer Zöliakie muss eine streng glutenfreie Ernährung ein Leben lang eingehalten werden.

Medikamentös kann als Tablette bei Laktoseintoleranz das Enzym Laktase und bei Histaminintoleranz das Enzym Diaminoxidase eingenommen werden.