Die Beschwerden einer Nahrungsmittelintoleranz können vielfältig sein. Am häufigsten kommt es zu allgemeinen Verdauungsbeschwerden wie Bauchschmerzen und Bauchkrämpfe, Blähungen, Durchfall oder Verstopfung, vermehrte Darmgeräusche und Gasproduktion, Reflux, Übelkeit, Erbrechen. Weiter können auch Kopfschmerzen, Hautausschläge und Müdigkeit auftreten.

Häufig beginnen die Beschwerden schleichend. Es ist daher nicht immer einfach, diese mit einer Nahrungsmittelintoleranz in Verbindung zu bringen.