Eine Intoleranz nachzuweisen kann schwierig sein. Eine Anamnese stellt die Basis der Diagnostik dar. Eine Laktose- oder Fruktoseintoleranz wird mit einem H2-Atemtest festgestellt.

Eine Zöliakie kann anhand spezifischer Antikörper im Blut und einer Darmspiegelung diagnostiziert werden. Da für eine Histaminintoleranz kein Test zur Verfügung steht, wird mit einer spezialisierten Ernährungsberaterin eine Weglassdiät (diagnostische Diät) durchgeführt.